1986年7月,佛山海关三水工作组成立,后来发展成为科级办事处。
1993年7月,乘三水撤县建市的东风,经国务院批准,中华人民共和国三水海关正式设立!同年10月16日正式挂牌,正式成立。
三水海关受广州海关直接领导,关区管辖范围包括佛山市三水区的9个镇(街道)。主要业务种类有:监管进出境运输车辆、来往港澳小型船舶、监管进出口货物、征收关税和其他税费,办理辖区内“三资”企业、保税仓库的注册登记、报关员的注册登记,加工贸易企业的合同备案、核销与执行中期的核查、稽查、查缉走私违法活动,编制海关统计等。