一九九三年八月二十日，杭州与金华市政府签订协议，金华市政府设立了海关筹建办。一九九五年五月十二日国务院正式批准设立金华海关。同年十一月杭州海关设立了金华海关筹备处，十二月三日下午派人进驻金华，开始海关筹备工作。经过一段时间的筹备，经海关总署批准，于一九九六年九月廿四日开关。一九九七年六月十六日正式对外开办业务。金华海关关区范围为金华、衢州两市的全部行政区域。
金华海关为杭州海关隶属单位，内设机构：办公室、综合业务科、监管科、加工贸易监管科、调查科、人教科，下辖金华海关驻义乌办事处（副处级）,业务管辖范围为义乌市、东阳市、浦江县和磐安县
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